Yukarı Menderes Havzası içinde bulunan Beycesultan Höyüğü Ege bölgesinin iç-batı Anadolu Bölümü’nde yer almaktadır Adından da anlaşılacağı gibi yerleşimin bulunduğu Büyük Menderes Nehri’nin yukarı çığırında konumlanmakta olup Jeomorfolojik ve Hidrografik özellikleri bakımından havza karakterindedir. Yerleşimin bulunduğu Çivril ovası doğuda Akdağ Kuzeydoğuda ortadağ kuzey ve kuzeybatıda Bulkaz Dağı güneyde Işıklı Gölü ve Büyük Menderes Nehriyle sınırlanmaktadır. Ovanın yüz ölçümü yaklaşık 303,1 km.2 olup deniz seviyesinden yüksekliği 810 ile 850 m arasında değişmektedir. 584 km uzunluğu ile Ege Bölgesi’nin en büyük akarsuyu özelliğinde olan Büyük Menderes Nehri bölgenin en önemli su kaynağı niteliğindedir. Ovayı son derece geniş bir alanda sulayarak verimli kılan nehir, bölgedeki yoğun iskanın temel sebebi olarak düşünülebilinir. Büyük Menderes Nehrine bağlanan Küfü Çayı, Beycesultan Höyük’ün hemen kuzey ve doğu kesiminden akmaktadır. Yerleşim, Batı Anadolu’nun kıyı kesimi ve iç kesiminin yanı sıra Anadolu’nun orta ve güney kesimine açılan bölgeleri birbirine bağlayan doğal güzergahlar üzerinde yer almasıyla son derece stratejik bir konuma sahiptir.